Další novinkou je změna při úpravě odpočtu a vyrovnání v případech, kdy dojde ke ztrátě nebo zničení majetku, které nebylo řádně doloženo ani potvrzeno a u něhož byl původně uplatněn odpočet. Dle současného znění zákona vzniká v těchto případech povinnost dodanění. Po novele se bude u dlouhodobého majetku vracet ve lhůtě 5 nebo 10 let poměrná část odpočtu.

Novela dále zavádí další okamžik vzniku povinnosti přiznat daň. Při dodání zboží nebo poskytnutí služby s místem plnění v tuzemsku, které bude trvat více než 12 měsíců, bude povinnost přiznat daň nejpozději poslední den každého kalendářního roku, který následuje po roce, v němž bylo plnění započato. Nejčastěji se to bude týkat smluv o dílo, kde nebude sjednáno dílčí plnění.

U společností (dříve sdružení bez právní subjektivity) se ruší všechny zvýhodňující úpravy. Naopak se zákon o DPH rozšíří o tzv. nespolehlivou osobu jako předchůdkyni a následovnici nespolehlivého plátce.